Etrian Odyssey 2 Untold: The Fafnir Knight is eigenlijk twee games in één. Als eerste is het een verbeterde versie van de DS game, Etrian Odyssey 2: Heroes of Lagaard, met veranderde lay-outs, betere graphics en verbeteringen die geleend zijn van Etrian Odyssey Untold. Het tweede is een volledig nieuw verhaal met een vaste party, ingesproken teksten en geanimeerde cutscenes. Het spel volgt het verhaal van de Fafnir Knight en Prinses Arianna. Dit gedeelte van de game, genaamd Untold, gaat dieper in op veel van de personages en hun interacties terwijl het verhaal verder gaat.