Sam Fisher is teruggeroepen van zijn pensioen en gerekruteerd door Third Echelon, een geheime groep onder gezag van de regering van de Verenigde Staten. Deze groep is vastbesloten een nieuwe dictator uit te schakelen, omdat deze de wereld met technoterroristische acties bedreigt. In Splinter Cell, dat zich afspeelt in de niet zo verre toekomst, heb je de rol van Sam, zeer goed getraind in dodelijke strijdtechnieken en een scherpschutter met een hele rits ultramoderne wapens.

Maar Splinter Cell is niet zomaar een schietspel. Als eenzame agent moet Sam meestal diep achter de vijandelijke linies vertrouwen op zijn sluiptechnieken om zijn missie uit te voeren. Dit betekent dat je je in de schaduwen aan het zicht onttrekt of dat je lampen stuk schiet en gebruik maakt van Sams nachtzichtkijker om je weg te vinden.